2 октября 1941 г. подводная лодка М-171 под командованием старшего лейтенанта В. Г. Старикова проникла в порт Лиинахамари, где атаковала торпедами два транспорта. При отходе подводная лодка попала в противолодочные сети и в течение двух часов, подвергаясь атакам глубинными бомбами, безуспешно пыталась их преодолеть. В отсеках не хватало кислорода, аккумуляторная батарея быстро разряжалась. Командир принял смелое решение прорываться в надводном положении. Во избежание захвата подводной лодки противником было даже предусмотрено взорвать ее. Но в ходе начавшегося прилива на перископной глубине подводной лодке в конце концов удалось вырваться из сетей. За этот дерзкий рейд и смелость командира наградили орденом Ленина, а остальных членов экипажа — орденами Красного Знамени и Красной Звезды.
     С 1942 г. на Северном флоте перешли к методу крейсерства подводных лодок в назначенном районе. Но новый метод мало чем отличался от предыдущего. Как и прежде, подводные лодки действовали одиночно, без взаимодействия и без сил обеспечения. Правда, районы их действия стали значительно большими. Чтобы облегчить поиск противника, подводным лодкам стали чаще сообщать данные разведки. Но пользы от них было мало, поскольку информация передавалась в темное время, когда лодка находилась либо на сеансе связи, либо на зарядке аккумуляторной батареи. Обнаруженные днем конвои уходили в другие районы и не всегда подводная лодка успевала выйти на их перехват.
     В феврале 1943 г. была предпринята попытка использовать подводные лодки в тактической группе. Две подводные лодки К-3 и К-22, вооруженные гидроакустическими приборами "Дракон" с каналом звукоподводной связи, вышли на совместный поиск конвоев в район между Варде и мысом Нордкин. Но при атаке конвоя, из-за ненадежности звукоподводной связи, лодки потеряли контакт друг с другом и больше его не восстанавливали. После этого К-3 возвратилась в базу, потопив два транспорта, а К-22 из боевого похода не вернулась. Предполагают, что она подорвалась на мине.
     С приближением полярного дня подводным лодкам после 10—12-часового боевого патрулирования в районах приходилось уходить на 30—40 миль от берега для зарядки аккумуляторной батареи. При этом большую часть пути подводные лодки преодолевали в подводном положении, расходуя запасы электроэнергии. В этих условиях в один район развертывались две—три подводные лодки, одна из которых находилась непосредственно в районе коммуникаций противника, другая заряжала аккумуляторную батарею, а третья находилась на маршруте перехода из района зарядки батареи к берегу. Смену лодок осуществляли по специальному графику. Если в 1941—1942 гг. подводными лодками управлял штаб флота, то с начала 1943 г. эта функция перешла к командованию бригадой.
     Возросшее противодействие противолодочных сил противника привело к снижению эффективности подводных лодок и их большим потерям. Подводной лодке, во-первых, приходилось основную часть времени боевого патрулирования осуществлять поиск неприятельских судов и конвоев в зоне активной деятельности противолодочных сил противника, а, во-вторых, уходя в район зарядки аккумуляторных батарей и возвращаясь обратно, форсировать минные заграждения противника. Причем за один боевой поход каждая подводная лодка форсировала минные заграждения по несколько раз, что, естественно, повышало вероятность подрыва. В феврале из боевого похода не вернулась К-22, в апреле— К-3, а в мае— М-122. Затем погибли М-106 и Щ-422. Особенно тяжелыми были последние три месяца 1943 года. Четвертая часть всех лодок, выходивших в море, не вернулась в Полярный. Наступил кризис. Требовались кардинальные меры по выходу из сложившегося положения. И они были найдены.